Se tiene constancia de poblamientos primitivos, principalmente del eneolítico, la época de bronce y íberos, asentados al término municipal, en parajes como Cabeço (cerro) de Mariola o de la Cueva, Cabeço de Serrelles, Cueva del Bolumini, Cabeço de las Monserraes y Loma de Carbonell. Hay también una necrópolis con tumbas excavadas en la roca a las proximidades de la masía del Pozo.

El núcleo originario de la actual población, teniendo en cuenta su toponimia, fue un lugar musulmán, situado en un cruce de rutas ganaderas y de importancia militar. El nombre de Alfafara viene probablemente de la voz “ALFAWARA” , que en árabe significa “fuente que brota con violencia”, y que probablemente hace referencia a un salto de agua que, en épocas lluviosas, madriguera desde el alto de una peña denominada Peña del “Xorro”.
Después de la conquista de Biar por Jaime I, en 1245, este lugar musulmán se concede en señorío a Ximén Pérez de Oriz (año 1248); posteriormente (1392), fue vendido a Pedro de Artés; los herederos del que lo vendieran al rey Alfonso V en 1416, convirtiéndose así en lugar real. El año 1436, bajo el reinado de este rey, conocido como El Magnánimo, con el fin de obtener fondo para las campañas militares de Sicilia y Nápoles, el lugar de Alfafara fue vendido en la villa de Bocairent, a la cual perteneció hasta 1632, que el rey Felipe IV le volvió la independencia, concediéndole el título de Universidad de Alfafara.

Canónicamente, la parroquia de Alfafara está ligada a la de Bocairent, desde el año 1437, por decisión del Arzobispo Fray Tomás de Vilanova, ratificada después por la bula de Santo Pio V, en 1566. Se le concedió la potestad de ser parroquia independiente en 1782. La población quedó incorporada a la Gobernación de Xàtiva en 1707 y posteriormente, a la de Montesa, hasta el año 1833, que es incorporada en la provincia de Alicante, perteneciendo al partido judicial de Alcoi.